中國證券市場研究中心和中國證券交易系統(tǒng)有限公司先后在北京分別成立了STAQ 系統(tǒng)和NET 系統(tǒng)。不管是STAQ 還是NET，都以交易法人股為主，因此，它們一度也被稱為“法人股流通市場”。鄧小平南巡談話以及“十四大”以后，產(chǎn)權(quán)交易市場進入發(fā)展的高潮時期。至1997 年1 月份，據(jù)不完全統(tǒng)計，當(dāng)時全國就有100 多個地方場外股票交易市場。這給中國的金融系統(tǒng)安全帶來了極大的隱患。1997 年11 月，中央金融工作會議決定關(guān)閉非法股票交易市場。1998 年在整頓金融秩序、防范金融風(fēng)險的要求下，《國務(wù)院辦公廳轉(zhuǎn)發(fā)證監(jiān)會關(guān)于清理整頓場外非法股票交易方案的通知》，將非上市公司股票、股權(quán)證交易視為“場外非法股票交易”，予以明令禁止，隨后STAQ、NET 系統(tǒng)也相繼關(guān)閉。

2000年是中國產(chǎn)權(quán)交易市場出現(xiàn)轉(zhuǎn)機的一年，許多地方恢復(fù)、規(guī)范、重建了產(chǎn)權(quán)交易所，很多地方政府重新肯定“非上市股份有限公司股權(quán)登記托管業(yè)務(wù)”；實質(zhì)上具有產(chǎn)權(quán)交易性質(zhì)并更具有創(chuàng)新能力的技術(shù)產(chǎn)權(quán)交易市場在各地蓬勃興起，這些交易機構(gòu)全部都是由當(dāng)?shù)卣块T牽頭發(fā)起設(shè)立的，如上海、北京、深圳、成都、西安、重慶，很多地方的產(chǎn)權(quán)交易所出現(xiàn)了聯(lián)合、整合的趨勢。

中國證券業(yè)協(xié)會為解決原STAQ、NET 系統(tǒng)掛牌公司的股份流通問題，開展了代辦股份轉(zhuǎn)讓系統(tǒng)，指證券公司以其自有或租用的業(yè)務(wù)設(shè)施，為非上市公司提供的股份轉(zhuǎn)讓服務(wù)業(yè)務(wù)，代辦股份轉(zhuǎn)讓系統(tǒng)規(guī)模很小，股票來源基本是原NET 和STAQ 系統(tǒng)掛牌的不具備上市條件的公司和從滬深股市退市的公司。

為了解決主板退市問題（包括水仙、粵金曼和中浩等）以及原STAQ、NET系統(tǒng)內(nèi)存在有法人股歷史遺留問題（首批掛牌交易的公司包括大自然、長白、清遠建北、海國實、京中興和華凱），“代辦股份轉(zhuǎn)讓系統(tǒng)”正式成立，后被稱為“老三板”。

由于“老三板”掛牌的股票品種少，且多數(shù)質(zhì)量較低，再次轉(zhuǎn)到主板上市難度也很大，長期被冷落。為了改變我國資本市場柜臺交易落后局面，同時為更多高科技成長型企業(yè)提供股份流動的機會，2006年初北京中關(guān)村科技園區(qū)建立新的股份轉(zhuǎn)讓系統(tǒng)，因與“老三板”標的明顯不同，被形象稱為“新三板”。新三板與老三板最大的不同是配對成交，現(xiàn)在設(shè)置30%幅度，超過此幅度要公開 買賣雙方信息。

目前的“新三板”市場格局是在2009 年7 月《證券公司代辦股份轉(zhuǎn)讓系統(tǒng)中關(guān)村科技園區(qū)非上市股份有限公司報價轉(zhuǎn)讓試點辦法》正式實施后形成的。

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